水質是衡量魚蝦質量的指標。許多有經驗的農民可以通過水質判斷魚蝦的情況，判斷魚蝦是否生病，或者是否可以淹沒池塘。除了傳統的方法（注水、曝氣和生石灰）外，還有一種新的水質凈化方法，它使用水質調節劑：EM儲備液。EM菌含有多種功能微生物，能有效分解各種有害物質。當水質太肥、混濁、透明度低時，適量EM菌液能保持水質清澈，防止水體老化，促進浮游生物生長，防止魚類疾病的發生。此外，與傳統方法相比，EM菌原液的使用還可以為魚蝦帶來豐富的天然食物。EM菌液中的功能微生物可分解水生植物、殘留飼料、糞便等，形成魚蝦食用所需的營養素。應用EM菌原液后，水中浮游生物大量繁殖，池水呈綠色或棕綠色，效果非常理想。EM菌液滲入水體后，其種群功能可殺滅或抑制病原微生物和有害物質，調節水產養殖生態環境，增加水中溶解氧（氧），促進水產養殖生態系統中正常植物群和有益藻類的活化和生長，維護水產養殖水體的生態平衡；餌料飼養可直接提高魚類的吸收功能、抗病能力和抗應激能力，促進魚類健康生長。EM菌液中的光合細菌還可以利用水中的硫化氫、有機酸、氨和氨基酸去除反硝化過程中的亞硝酸銨，從而凈化養殖池塘中的排泄物和殘留餌料污染，改善水質，減少魚類疾病。